学习困难的原因到目前尚不清楚，仍处于探索阶段，普遍认为是多种因素综合作用的结果，既有内因，又有外因;既有个人生理心理方面的因素，也有家庭社会等环境因素;既有先天因素，也有后天因素;总之，造成学习困难的原因是多方面的，是内外因素综合作用的结果。到目前为止，关于儿童学习困难的原因有如下一些研究成果或认识。
心理因素：儿童学习困难与心理因素密切相关过去已有认识，近来大量研究得以进一步证实，儿童学习困难存在普遍的心理问题。普遍观察得到的结果是学习困难儿童学习动机水平低学习动力不足，学习兴趣差，情绪易波动，意志障碍，认知障碍，自我意识水平低等。
环境因素：(1)不良的家庭环境。由于父母长期在外工作或家庭成员关系紧张等原因，使儿童从小就未得到大人充分的爱抚，特别是缺乏母爱。(2)儿童在幼年时未得到良好教养，在儿童早年生长发育的关键期，没有提供丰富的环境刺激和教育。(3)不适当的学习内容和教育方法使儿童产生厌学情绪。有些父母望子成龙心切，他们拔苗助长，不按儿童的身心特点进行教育，常在是教育的内容、方式、方法上违反教育规律。如学前儿童小学化，小学儿童初中化等。
营养与代谢：近来研究证实，儿童学习困难与营养代谢相关，某些微量元素不足或膳食不合理，营养不平衡可影响智力发育。过去认为碘摄入不足影响儿童智力，锂元素影响儿童的性格特征，进而影响学习。有研究表明学习困难儿童发中微量元素锌、铜的含量显着低于正常儿童，而铁也是影响学习成绩的重要因素。
生理因素：(1)儿童在胎儿期、出生时出生后由于某种病伤而造成轻度脑损伤或轻度脑功能障碍。(2)遗传因素。有些学习技能障碍具有遗传性，如儿童的父亲、爷爷或其他亲属可见到类似情况。(3)身心发展落后于同龄儿童的发展水平。乳牙脱得慢、走路说话迟、个子特别矮小等;感觉器官功能的缺陷或运动协调功能差。(4)身体疾病。孩子若体弱多病，经常缺课，会使得所学的功课连续性间断，学习的内容联系不起来，自然会导致学习困难;有的孩子上课小动作多，或存在注意缺陷，不能集中注意力，也会导致学习困难。
近年来的科学研究显示，学习困难是由于小脑发展迟缓造成的，小脑功能若无法有效发挥，将导致各类的学习困难。因为每一个人的小脑发育程度不同，所以每个人的学习困难的症状也不会完全相似，症状也常常相互重叠。
由于小脑是学习过程中重要的讯息处理中心，能将我们的能力“自动化”。有了自动化功能，日常生活中的许多事物和技能，在我们学会后是我们不假思索就可以直接做出来的。一旦小脑无法有效自动化运作，每做一件事都要重新学习，那就很可能让阅读书写、动作协调、人际关系等……这些一般人都轻易可学会的生活技能变成困扰，甚至变成灾难与恶梦，不论怎样奋斗挣扎，却总是陷在一筹莫展的困境。
